（一）中心内设6个业务科室：办公室、财务会计科、稽核监督科、信息管理科、综合服务科和审批管理科。

（二）下设11个管理部：市中心直属管理部、五通桥区管理部、沙湾区管理部、金口河区管理部、峨眉山市管理部、犍为县管理部、井研县管理部、夹江县管理部、沐川县管理部、峨边彝族自治县管理部、马边彝族自治县管理部。